Le test virologique PCR dit de « réaction en chaîne par polymérase » permet de savoir, au moment où

on le réalise, si une personne est infectée par le coronavirus SARS-CoV-2, en recherchant des traces

du virus dans les sécrétions par voie nasale ou salivaire. Le prélèvement par voie nasale est effectué en enfonçant profondément un long coton-tige souple, appelé « écouvillon », dans chaque narine, jusqu’à atteindre la partie supérieure du pharynx.

Le SARS-CoV-2 étant en premier lieu un virus respiratoire, c’est dans les voies respiratoires que l’on

peut d'abord le détecter, avant qu’il se développe dans d’autres parties du corps. Le prélèvement par

la salive est donc moins efficace que par voie nasale, avec un taux d’erreur qui atteindrait 75 % pour les personnes asymptomatiques, selon la professeure Dominique Le Guludec, présidente du collège de la

Haute Autorité de santé (HAS).

Mais les tests salivaires pourraient être utiles pour dépister les personnes pour qui le prélèvement dans

le nez est difficile, comme les enfants, les personnes âgées et celles qui souffrent de problèmes

psychiques. Ils ne nécessitent aucun matériel spécifique, à part des tubes pour recueillir les crachats,

et permettent l’autoprélèvement, chez soi. Mais l'analyse des échantillons se fera toujours en

laboratoire avec les « machines PCR », avec les délais que cela implique.

Le 18 septembre, la HAS a rendu un avis favorable à l'utilisation de ces tests uniquement chez les

personnes présentant des symptômes.

Les tests PCR par voie nasale sont les plus fiables dont on dispose actuellement. Ils peuvent toutefois présenter une proportion de 30 % de faux négatifs lorsque le prélèvement est mal réalisé. Soit de

manière trop superficielle, si l’écouvillon n’a pas été assez enfoncé, par exemple, soit si le dépistage

a été fait au mauvais moment. Lorsqu'un malade est testé trop tôt (pendant la phase d’incubation)

ou tout à la fin de la maladie, la quantité de virus peut être trop faible pour qu’il soit repéré.

La longueur des écouvillons utilisés pour faire les prélèvements dans le cadre des tests PCR peut impressionner. Mais l’écouvillon ne touche que la partie supérieure du pharynx, il ne franchit pas

la barrière hémato-encéphalique, zone sensible qui protège notre cerveau. Par ailleurs, cette méthode

est utilisée depuis des années pour rechercher d’autres virus, ce qui permet un certain recul quant

à la sécurité du procédé.

Les tests PCR peuvent être effectués gratuitement et sans ordonnance dans la plupart des laboratoires d’analyse médicale, mais le gouvernement recommande de se rendre dans le centre de dépistage le

plus proche de chez soi. La liste est disponible ici. Avec l'engorgement des laboratoires, notamment

dans les grandes villes, les laboratoires sont sous forte tension et il faut parfois attendre plusieurs jours

pour avoir un rendez-vous dans un laboratoire, ou plusieurs heures pour être pris en charge dans un

centre de prélèvement. Le 17 septembre, le ministre de la santé, Olivier Véran, a annoncé le

déploiement de 20 centres de prélèvements « pour les publics prioritaires » en Ile-de-France, qui

s'ajouteront aux 590 qui existent déjà.

Un faux positif désigne le résultat du dépistage d'une personne diagnostiquée à tort comme

porteuse du virus. Le test n’aurait pas dû détecter des traces de patrimoine génétique du virus,

car il n’y en avait pas. Toutefois, les cas de résultats faussement positifs sont rares, et peuvent être

liés à une défaillance du réactif utilisé lors du dépistage, , comme c'est arrivé en Meurthe-et-Moselle.

Non, cette rumeur, qui a beaucoup circulé, est fausse. Elle repose sur une enquête du New York

Times dans laquelle plusieurs virologues estiment que les tests PCR seraient trop sensibles. Afin

de chercher le virus, qui est présent en petite quantité dans les échantillons analysés, la technique

PCR consiste, en quelque sorte, à « zoomer » en multipliant une séquence génétique connue. Cela se

fait au travers de cycles successifs : plus on les accumule, plus on est capable de détecter d’infimes

traces de virus.

Or, les connaissances accumulées depuis l’apparition du coronavirus SARS-CoV-2 montrent que

plus la charge virale (la quantité de virus présente dans l’organisme) est élevée, plus un patient est

contagieux. Le New York Times expliquait ainsi que 85 à 90 % des tests qui se sont révélés positifs

en juillet dans le Massachusetts ne l’auraient pas été si le nombre de cycles avait été abaissé.

Ce chiffre de 90 % a marqué les esprits et a ensuite été repris sur les réseaux sociaux. Mais on ne

peut parler de « faux positifs », car cette expression désigne les tests qui n’auraient pas dû détecter

de virus, car il n’y en avait pas. Et les tests positifs associés à un nombre de cycle élevé ont

correctement rempli leur fonction : des traces de virus étaient bien présentes dans l’échantillon

analysé. Cet exemple extrême pose la question du degré de sensibilité des tests, et du risque de

contagion que présente un malade lorsque les traces de virus sont infimes.

Cette expression désigne le résultat d'une personne que l’on a échoué à diagnostiquer. Son test est

négatif alors qu'elle est bien porteuse du virus. Le taux de « faux négatifs » varie selon la technique

utilisée.

La fiabilité d’un test par voie nasale bien réalisé est de l’ordre de 80 à 90 %, contre 60 à 70 % pour

un test salivaire, selon Laurent Andreoletti, professeur de virologie à la faculté de médecine de Reims,

et responsable d’une unité de diagnostic Covid-19. Un faux négatif peut être dû à une mauvaise

technique de prélèvement, par exemple si l’écouvillon n’a pas été enfoncé assez profondément dans

la narine, ou bien à un test réalisé au mauvais moment, trop tôt ou trop tard. Avant l’apparition des

premiers symptômes, le virus est présent en moins grande quantité dans le nez, ce qui rend la détection compliquée. De même, il y a un risque élevé d'obtenir un résultat négatif pour les tests réalisés à

partir du huitième jour après la contamination, , explique la Haute Autorité de santé.

Le résultat du dépistage est en principe disponible dans les trente-six heures suivant le prélèvement,

 indique le gouvernement. Mais cette durée peut varier, car de nombreux laboratoires sont engorgés.

Certains patients, notamment les moins prioritaires (asymptomatiques, sans ordonnance), signalent

avoir attendu plus de six jours pour obtenir une réponse. En attendant les résultats du test, il est

conseillé de rester confiné à son domicile et de respecter les mesures barrières.

Un test PCR coûte 54 euros. Depuis le 25 juillet, il est remboursé à 100 % par l'Assurance-maladie,

même sans ordonnance. La grande majorité des laboratoires dispensent par ailleurs les patients

de l’avance des frais. Pour les autres, la somme avancée sera remboursée sur feuille de soin.

Il est possible de se faire dépister autant de fois que nécessaire, il n’y a, en principe, pas de limite.

Les tests PCR restent pris en charge intégralement par l’Assurance-maladie, indépendamment du

nombre de tests effectués. Toutefois, « il ne sert à rien de se tester trop souvent, le test n'est pas

un geste barrière », a rappelé le 17 septembre le ministre de la santé, Olivier Véran, qui appelle à

limiter le dépistage aux cas contacts avérés et aux patients présentant des symptômes.

D’après Santé Publique France, le délai moyen entre la date de début des symptômes et la date de prélèvement était de 2,9 jours pour la semaine du 7 au 13 septembre. Ce chiffre ne concerne que le

dépistage des cas symptomatiques.

En réalité, les délais d’accès au prélèvement varient en fonction de l'urgence des cas et d'une région

à l'autre. Pour certaines zones rouges, notamment dans les grandes villes, les laboratoires sont sous

forte tension. Il faut parfois attendre plusieurs jours pour avoir un rendez-vous dans un laboratoire, ou plusieurs heures pour être pris en charge dans un centre de prélèvement, sans compter un délai

allongé pour recevoir les résultats.

Les consignes varient en fonction du pays de destination.

En dehors de l'Union Européenne, il est possible de partir dans les pays où l'épidémie

est « maitrisée », selon le gouvernement. Un test peut être demandé avant le départ ou à l'arrivée

 ; il faut se renseigner sur les mesures d'accueil mises en place par chaque pays.

Non, depuis le 25 juillet, il suffit de se rendre dans un centre de dépistage pour se faire diagnostiquer gratuitement et sans prescription médicale. Il faut cependant apporter sa carte Vitale ou une attestation

de Sécurité sociale et sa pièce d’identité. Par ailleurs, une personne présentant des symptômes du

Covid-19 doit consulter son médecin traitant le plus tôt possible, qui peut lui remettre une ordonnance

pour se faire dépister si la suspicion d’infection est confirmée. Face à l'engorgement des centres

de dépistage, le gouvernement a appelé à donner la priorité aux patients disposant d'une ordonnance médicale.

Le test PCR permet de savoir si une personne est contaminée au moment du prélèvement.

Un test sérologique permet de déterminer la présence dans le sang d’anticorps qui auraient

été prduits en réaction au virus Si leur présence est détectée, cela signifie que la personne a été

porteuse du virus, mais ce test ne permet pas de dépister une contamination récente. Les tests

sérologiques fiables figurent sur une liste en ligne du site du ministère des solidarités et de la santé

et sont remboursés par la Sécurité sociale lorsqu’ils entrent dans le cadre des indications définies

par la Haute Autorité de santé.

Les tests rapides antigéniques (TRA) permettent, comme les tests PCR, de déterminer si un

patient est infecté au moment précis du dépistage, en recueillant des sécrétions au fond du nez,

à l’aide d’un écouvillon. Mais, les deux tests sont différents, car les tests par PCR recherchent la

présence d’ARN, le patrimoine génétique du virus, alors que les tests antigéniques ciblent les antigènes,

des protéines que produit le virus.

Avec les TRA, le prélèvement réalisé dans le nez est mélangé à un réactif, directement sur une

bandelette, qui se colore en présence du virus, à la manière d’un test de grossesse. Un procédé

plus facile et plus rapide que celui des tests PCR (trente minutes environ), mais qui pourrait être moins sensible.

Ils seraient surtout utiles pour un dépistage massif (plutôt que pour les cas contacts ou les personnes

avec des symptômes). Les personnes dont les tests antigéniques sont positifs pourraient être soumises

à un deuxième test, PCR cette fois, pour que soit confirmée l’infection au SARS-CoV-2.

Le 17 septembre, Olivier Véran a annoncé que la France, en lien avec l'Allemagne, a « passé de

premières commandes, à hauteur de 5 millions de tests antigéniques », qui doivent être livrés

« d’ici à début octobre ».

En cas de symptômes de Covid-19 (fièvre, toux, maux de tête…), il faut s'isoler et consulter son

médecin traitant, qui pourra prescrire un test PCR. Les personnes identifiées comme cas contacts

doivent s'isoler et attendre sept jours après le contact pour se faire tester. Si elles vivent avec la

personne contaminée, le test doit être effectué immédiatement, puis réalisé à nouveau sept jours

plus tard si le premier était négatif.

Depuis le 11 septembre 2020, une stratégie de « priorisation des tests de dépistage » a été mise

en place pour que les personnes symptômatiques, les soignants, les aides à domicile et les cas

contacts soient testés en priorité. Le 17 septembre, Olivier Véran a annoncé que les personnes

ayant une prescription médicale vont s'ajouter à cette liste. Ces personnes auront des plages horaires réservées pour se faire dépister en laboratoire. Le ministre a également tenu à préciser que « les cas

contacts des cas contacts ne sont pas des cas contacts ».

Le test PCR n'est véritablement obligatoire que dans un cas : si un voyageur vient d'un pays

pour lequel le ministère de l'intérieur exige un test PCR négatif effectué dans les trois jours précédan

t le départ. Si ce n'est pas possible, un test est vivement recommandé à l'arrivée. Il est possible de le

refuser, mais il faudra alors s'isoler et « un arrêté préfectoral de placement en quarantaine » sera mis

en place.

Si une personne est identifiée comme cas contact par l'Assurance-maladie, un dépistage est fortement recommandé pour limiter les risques de contamination. Si le test n'est pas effectué, la personne ne

sera pas sanctionnée, mais doit quand même s'isoler sept jours. Le 11 septembre, le premier ministre,

Jean Castex, a annoncé la mise en place de contrôles du respect de cette période d'isolement.

Le résultat d’un test PCR n’est valable qu’à un instant T. On peut donc être négatif au moment du

dépistage et être contaminé quelques minutes après.

Avant la mi-mai, il était impossible de connaître précisément le nombre de tests pratiqués en France

, car aucun fichier ne permettait de centraliser ces données. Le 13 mai, Santé publique France a mis

en place le Système d'informations de dépistage (SI-DEP), qui recense les tests réalisés chaque jour.

Entre cette date et le 13 septembre, plus de 8 millions de patients ont été testés. Il faut noter qu'une

personne peut être prélevée plusieurs fois et qu'il est plus pertinent de regarder l'évolution du nombre

de tests effectués chaque semaine.

A partir de mi-juillet, une forte hausse du nombre de dépistages a été enregistrée, car le gouvernement

a encouragé la population à se faire tester massivement, en rendant les tests PCR gratuits et

accessibles à tous sans ordonnance. Dans son point épidémiologique du 17 septembre, Santé publique France parle désormais d'une « saturation des capacités diagnostiques » dans certaines régions,

ce qui peut donner lieu à des ajustements du décompte.

Le test PCR consiste à enfoncer un écouvillon au fond de chaque narine pour prélever des sécrétions nasales. De l'avis de ceux qui l'ont subi, c'est loin d'être agréable. Mais le prélèvement ne durant que quelques secondes, cela reste supportable pour la majorité des gens.

Il n'existe pas d'âge minimal pour se faire dépister, mais la Société française de pédiatrie recommande

 de limiter l'usage de tests PCR pour les enfants de moins de 6 ans. Elle conseille de tester l’enfant uniquement s'il est hospitalisé ou souffre de symptômes sévères, s’il a eu un contact avec une

personne avérée positive, s’il habite avec des personnes considérées à risque ou les fréquente,

ou si ses symptômes ne s'améliorent pas au bout de trois jours.

Le dépistage massif a comme objectif premier de repérer les personnes contaminées et de les isoler,

au moins pendant une semaine, pour casser les chaînes de transmission. Les résultats des tests,

centralisés dans le fichier SI-DEP, permettent par ailleurs de calculer différents indicateurs nécessaires

au suivi de l'évolution de l'épidémie, notamment :

• le taux de positivité, qui correspond au nombre de tests positifs rapporté au nombre de tests
• réalisés ;
• le taux d'incidence, c'est-à-dire le nombre de nouveaux cas détectés pour 100 000 habitants.

L'analyse de ces taux, mise en perspective avec d'autres mesures (hospitalisations, décès, urgences hospitalières et SOS Médecins), permet d'avoir une idée de la circulation du virus à l'échelle de la

France, d'un territoire ou encore d'une classe d'âge.

La méthode de test groupé, appelée « poolage » – adapté du terme anglais « pooling » –, a été

inventée en 1943 pour détecter à moindre coût la syphilis parmi les jeunes soldats. Plutôt que de tester individuellemnt 100 échantillons, on rassemble ceux-ci en dix groupes de dix et on teste chaque groupe.

• Si l’un des lots est négatif, chaque échantillon qui le compose l’est également.
• S’il est positif, alors l’un des prélèvements au moins contient l’agent infectieux. Il suffit alors de
• tester chacun d’entre eux.

Si la maladie est peu répandue et qu’un seul des lots est contaminé, on disposera de l’ensemble des

résultats avec 20 tests, au lieu de 100. Si tous les lots se révèlent négatifs, 10 tests auront été suffisants

et 90 tests auront été économisés. A l’inverse, si une maladie devient très présente dans une

population – en pratique au-delà de 10 % –, la méthode perd vite de son intérêt.

Aux Etats-Unis, en Inde ou au Rwanda, les autorités de santé ont autorisé les tests groupés dès le

début de l'épidémie de Covid-19. En Chine, le système est utilisé pour les tests massifs opérés à

Wuhan avant le déconfinement, puis à Pékin, pour éviter une résurgence de l’épidémie. Mais en France,

le Haut Conseil de la santé publique a rendu, le 10 mai, un avis tranché : il « ne recommande pas »

l’usage des tests groupés, qui présenteraient des « contraintes organisationnelles (composition de

groupe d’échantillons, délai de rendu des résultats) » et des « limites techniques (perte de sensibilité

pour les échantillons faiblement positifs) ». En septembre, un collectif de médecins a réclamé le retour

de cette méthode pour augmenter les capacités de dépistage.

La France, à la traîne au début de l’épidémie, fait désormais partie des pays qui testent le plus au

monde à la date du 18 septembre. Elle réalise chaque semaine plus d'un million de tests, soit

environ 17 pour 1 000 habitants, davantage que la plupart de ses voisins européens.

Cette proportion se situe plutôt autour de 13 pour 1 000 habitants en Allemagne (plus d'un million

de tests la semaine du 31 août, dernière pour laquelle on a des données), en Espagne (631 000 tests la semaine dernière), en Belgique (près de 200 000 tests hebdomadaires) ou encore en Suède (142 000).

L'Italie est en dessous, avec 9,7 tests pour 1 000 habitants sur les sept derniers jours (584 000).

Le champion d'Europe est le Royaume-Uni, avec 23 tests pour 1 000 habitants par semaine.

Pour voyager vers un territoire d’outre-mer, un passager doit présenter un test Covid-19 négatif

réalisé moins de soixante-douze heures avant l’embarquement ainsi qu’une attestation sur l’honneur

qu’il ne présente pas de symptômes et qu’il n’a pas connaissance d’avoir été en contact avec un cas

confirmé dans les quatorze jours précédant le vol. La compagnie aérienne refuse l’embarquement si le passager ne possède pas ces documents. Par ailleurs, il faut justifier d’un motif impérieux de déplacement pour accéder à certains territoires. Pour revenir d’un territoire d’outre-mer, seule l’attestation sur

l’honneur est obligatoire.

C’est faux. La Haute Autorité de santé (HAS) a confirmé au Monde que les tests PCRétaient bien

conçus pour détecter le SARS-CoV-2 et pas n’importe quel virus de la famille des coronavirus. Ce point « relève du marquage CE », c’est-à-dire de la réglementation européenne, et doit être « renseigné

dans les notices des tests ». Les tests remboursables par l’Assurance-maladie doivent, en outre

, « comporter au moins deux cibles », c’est-à-dire identifier au moins deux séquences génétiques distinctes. « L’une de ces cibles peut effectivement être générique des coronavirus, mais la seconde

doit être spécifique du SARS-CoV-2. Ce système à deux cibles permet donc de limiter le risque de

tests non spécifiques », précise la HAS.